Topik Riset: Studi Asosiasi Gen terhadap Kerentanan pada Pasien Long COVID-19
Riset ini berfokus pada identifikasi dan analisis varian genetik yang berhubungan dengan kerentanan dan gejala Long COVID-19, khususnya melalui pendekatan candidate gene dan analisis genotipe.
Penelitian diawali dengan studi literatur untuk mengidentifikasi gen dan varian genetik yang telah dilaporkan berhubungan dengan kerentanan maupun severitas Long COVID-19. Kandidat gen dan SNP yang diperoleh kemudian dianalisis lebih lanjut melalui pendekatan in silico untuk mengevaluasi potensi hubungan dan relevansinya terhadap Long COVID-19.
Kandidat SNP yang telah dipilih selanjutnya akan dilakukan analisis genotiping pada sampel pasien. Tahapan penelitian meliputi isolasi DNA, quality control (QC) DNA, elektroforesis, serta proses genotiping menggunakan berbagai metode molekuler, seperti T-ARMS PCR, RFLP, dan Sanger sequencing, sesuai dengan karakteristik kandidat varian yang diteliti.
Hasil genotiping kemudian dianalisis menggunakan pendekatan statistik untuk mengevaluasi asosiasi antara varian genetik dengan kerentanan maupun manifestasi gejala Long COVID-19. Penelitian ini diharapkan dapat mengidentifikasi varian genetik yang berpotensi menjadi faktor risiko atau biomarker genetik dalam memahami variasi respons individu terhadap Long COVID-19.
Topik Riset: Analisis Fungsional Mutasi GBE1 Y329S pada Sel Adenokarsinoma Paru
Riset ini berfokus pada analisis fungsional dan molekuler mutasi GBE1 Y329S pada sel adenokarsinoma paru, khususnya untuk memahami pengaruh mutasi tersebut terhadap metabolisme sel, respons terhadap kondisi hipoksia, stres oksidatif, serta respons imun dan apoptosis sel kanker.
Penelitian diawali dengan analisis bioinformatika terhadap mutasi GBE1 Y329S untuk memahami karakteristik dan potensi dampaknya terhadap fungsi protein. Selanjutnya, dilakukan konstruksi plasmid GBE1 wild-type (WT) dan mutan Y329S, diikuti dengan transformasi dan perbanyakan plasmid untuk digunakan dalam penelitian seluler.
Plasmid GBE1 WT dan mutan Y329S kemudian digunakan untuk membangun model sel A549 yang mengekspresikan GBE1 WT maupun GBE1 Y329S. Pada model sel tersebut, penelitian dilanjutkan dengan pemberian kondisi normoksia dan hipoksia untuk mengevaluasi respons sel terhadap perubahan kondisi oksigen.
Selanjutnya dilakukan analisis ekspresi mRNA GBE1, HIF1α, dan FBP1 menggunakan RT-PCR, serta pengukuran aktivitas enzim GBE1 untuk membandingkan karakteristik sel yang membawa GBE1 WT dan mutan Y329S. Penelitian juga mencakup analisis reactive oxygen species (ROS) sebagai indikator stres oksidatif dan pemeriksaan PD-L1 menggunakan immunocytochemistry (ICC) untuk mengevaluasi perubahan ekspresi molekul yang berkaitan dengan respons imun pada sel kanker.
Pada tahap berikutnya, dilakukan pengukuran CXCL10 dan IL-6 pada sel A549 serta analisis apoptosis untuk mengetahui pengaruh mutasi GBE1 Y329S terhadap respons inflamasi dan kelangsungan hidup sel. Secara keseluruhan, penelitian ini diharapkan dapat memberikan pemahaman mengenai peran mutasi GBE1 Y329S dalam metabolisme dan respons biologis sel adenokarsinoma paru, terutama dalam kondisi hipoksia, serta potensinya dalam memengaruhi stres oksidatif, respons imun, dan apoptosis.
Topik Riset: Pengembangan Biomarker Sitokin dan Genomik untuk Prediksi Tipe Kusta guna Meningkatkan Ketepatan Diagnosis dan Efektivitas Pengobatan
Riset ini berfokus pada pengembangan biomarker berbasis sitokin dan genomik untuk memprediksi tipe kusta, dengan tujuan mendukung ketepatan diagnosis, memahami variasi respons imun pasien, serta meningkatkan efektivitas pengobatan.
Penelitian diawali dengan identifikasi faktor genetik dan biomarker sitokin yang berpotensi berhubungan dengan tipe kusta dan respons imun terhadap infeksi Mycobacterium leprae. Analisis genomik dilakukan untuk mengidentifikasi variasi genetik yang berpotensi memengaruhi kerentanan terhadap penyakit dan manifestasi klinis, sedangkan analisis sitokin difokuskan pada karakterisasi respons imun pasien, termasuk mediator inflamasi yang berperan dalam patogenesis kusta.
Selanjutnya, dilakukan analisis biomarker molekuler dan imunologis, termasuk pemeriksaan ekspresi gen yang berkaitan dengan regulasi respons imun, seperti iNOS, ARG1, serta pengukuran sitokin, seperti IL-10 dan TNF-α. Hasil pemeriksaan tersebut akan diintegrasikan dengan data genetik dan karakteristik klinis pasien untuk mengidentifikasi pola biomarker yang berhubungan dengan tipe kusta.
Data yang diperoleh kemudian dianalisis secara statistik dan, apabila sesuai, menggunakan pendekatan bioinformatika atau machine learning untuk mengembangkan model prediksi berbasis kombinasi biomarker sitokin dan genomik. Model ini diharapkan dapat membantu membedakan tipe kusta, mendukung pengambilan keputusan klinis, serta memberikan informasi yang relevan untuk pemantauan respons pengobatan.
Secara keseluruhan, penelitian ini diarahkan pada pengembangan panel biomarker sitokin dan genomik yang berpotensi mendukung diagnosis kusta yang lebih akurat dan pendekatan pengobatan yang lebih terarah, sekaligus memperkuat pemahaman mengenai hubungan antara variasi genetik, respons imun, dan manifestasi klinis kusta.
Topik Riset: Integrasi WES dan Analisis Fungsional Varian KIF27 pada Kasus GDD Tanpa Dismorfik
Riset ini berfokus pada identifikasi dan karakterisasi fungsional varian genetik yang berpotensi berhubungan dengan global developmental delay (GDD) tanpa dismorfik, melalui integrasi pendekatan Whole Exome Sequencing (WES), bioinformatika, dan analisis molekuler.
Penelitian diawali dengan analisis data WES untuk mengidentifikasi varian genetik kandidat yang berpotensi berhubungan dengan keterlambatan perkembangan global. Salah satu kandidat yang menjadi fokus penelitian adalah varian pada gen KIF27. Varian yang teridentifikasi selanjutnya dikaji menggunakan pendekatan in silico untuk mengevaluasi karakteristik varian, prediksi dampaknya terhadap struktur dan fungsi protein, serta potensi implikasinya terhadap proses biologis yang berkaitan dengan perkembangan.
Selanjutnya, dilakukan analisis fungsional untuk mengevaluasi dampak varian KIF27 terhadap fungsi protein, melalui pendekatan eksperimental in vitro yang sesuai dengan karakteristik varian dan hipotesis penelitian. Hasil analisis bioinformatika dan eksperimental diintegrasikan untuk memperoleh pemahaman yang lebih komprehensif mengenai konsekuensi fungsional varian tersebut.
Secara keseluruhan, penelitian ini diharapkan dapat memperkuat interpretasi varian genetik melalui integrasi data genomik dan bukti fungsional, serta memberikan pemahaman lebih lanjut mengenai potensi keterlibatan KIF27 pada kasus GDD tanpa dismorfik. Hasil penelitian juga diharapkan dapat berkontribusi terhadap pengembangan pendekatan diagnosis molekuler dan interpretasi varian pada pasien dengan gangguan perkembangan yang belum terjelaskan secara klinis.