Mempelajari keanekaragaman mikroba (bakteri, archaea, jamur mikroskopis, virus, protozoa) di berbagai habitat, serta strategi konservasi isolat mikroba untuk menjaga potensinya (misalnya di kultur koleksi).
Mengkaji bagaimana mikroorganisme beradaptasi secara fisiologis terhadap lingkungannya (suhu, pH, salinitas, ketersediaan oksigen, nutrisi), termasuk metabolisme dan respons terhadap cekaman lingkungan.
Pemanfaatan mikroba untuk menghasilkan produk bernilai ekonomi/ilmiah, misalnya fermentasi pangan, produksi enzim, antibiotik, biofuel, bioremediasi, dan rekayasa genetika sederhana.
Fokus pada senyawa metabolit sekunder mikroba yang aktif secara biologis (antimikroba, antitumor, imunosupresan, dll.), termasuk isolasi, identifikasi, uji aktivitas, dan potensinya untuk pengobatan.
Menelaah isu-isu mutakhir dan arah perkembangan penelitian mikrobiologi global & nasional (misalnya mikrobiom manusia, resistensi antibiotik, mikroba ekstremofil, sintesis mikroba, dan aplikasi CRISPR pada mikroba).
Membekali teknik perancangan penelitian mikrobiologi, meliputi sampling, isolasi, kultur, karakterisasi fenotip & genotip, analisis statistik, serta penulisan proposal/laporan ilmiah.
Mempelajari keanekaragaman mikroba dalam kerangka filogenetik dan evolusi molekuler (misalnya menggunakan gen penanda 16S rRNA/ITS), termasuk mekanisme transfer gen horizontal, spesiasi mikroba, dan pohon kehidupan.
Penggunaan alat komputasi untuk analisis data genom, metagenom, dan transkriptom mikroba secara mendalam (assembly, anotasi, perbandingan genome, analisis phylogenomic, dan prediksi fungsi gen).
Seminar atau kuliah tematik yang membahas topik-topik spesifik, kontroversial, atau lintas disiplin dalam mikrobiologi (misalnya mikrobioma tanah, mikroba patogen emerging, etika penelitian mikroba) berdasarkan artikel/jurnal terkini.
Perluasan dari bioteknologi dasar, mencakup rekayasa metabolik, sistem ekspresi heterolog, directed evolution, synthetic biology pada mikroba, serta skala produksi dan aspek hilir (downstream processing).